僧格林沁死，朝廷大怒，即派大军围剿。

　　同治五年秋，捻军在中原被驱赶得分成了东捻军及西捻军。其中东捻由郑王赖文光，鲁王任化邦统领，在中原地带继续与清廷抗争；另一支军队为西捻由所谓的梁王张宗禹及经验不足的张禹爵统领，向陕西甘肃一带进军，来联络回民起义军。

　　左宗棠上表朝廷，认为朝廷现在所要担心的，就是捻匪以及回逆，但是从情势缓急来看，剿灭捻匪应是首要的，剿灭回逆，应该暂时放一放，因为回民分布分散而捻匪聚集在一起，除掉捻匪，则回逆无倚仗。

　　本来，左宗棠好好地在福建马尾办船厂，许是觉得慈禧太后很喜欢看自己的奏折，许是觉得自己很有见地，就手痒起来写了这道奏折。不料慈禧看了这道奏折，真喜欢了，就下旨，改任左宗棠为陕甘总督。

　　左宗棠都已经解甲归海了，不得不重新披挂上阵，从福建带上三千闽军出发——楚军早被良弓藏了。

　　听说左宗棠要上西北，曾国藩将自己属下刘松山、刘锦棠等老湘营交给左宗棠。曾国藩还私底下对人言道：“论兵战，吾不如左宗棠；为国尽忠，亦以季高（左宗棠，字季高）为冠。国幸有左宗棠也。”

　　给兵就已经让左宗棠很不安了，再听曾国藩这番话，这简直就是“捧杀”，让慈禧这“小孤孀”听了，岂不是要人头掉地！

　　左宗棠害怕了。

　　于是，在西征的路上，左宗棠给朝廷上了一道折子。

　　御前太监接了这千载难逢的折子，忍不住尖笑了两声。慈禧太后在帘后“嗯”了一声，太监赶紧说道：“奴才该死，只是这折子，这折子也真是太奇了。”

　　朝中大臣一听，赶紧竖起耳朵，都想听听这谁的折子到底有多奇。

　　慈禧太后就问道：“谁的折子啊？”

　　御前太监答道：“左宗棠大人的折子。”

　　慈禧太后对左宗棠极有好感，每折必看，看完还亲自御批一番——画一圆圈，表圆满之意。遇到不好的奏折，慈禧太后也会御批一下，打一叉，想必是有骂人之意。现见左宗棠也写奇折子，慈禧就更加好奇了，于是说道：“念来！”

　　御前太监，清清嗓子，极为大声地将左大人折子念了。

　　朝中大臣一听，哄堂大笑。

　　就连慈禧在黄幔子后听了，也忍不住笑骂道：“荒唐！”

　　原来，此时恰逢朝廷大考，屡次乡试不第的左宗棠上书朝廷，表示要放下军队，回京参加这次考试。

　　遇到范进这样的老同志，也就算了，可是，你左宗棠官至总督，二等侯爵，你还来凑什么热闹！

　　这就好比朱元璋，当了皇帝之后还想考个状元。

　　不过慈禧并没有发作，还特意赐左宗棠“同进士出身”，那意思就是你老实地带兵打仗吧，不用考试，也享受进士待遇！

　　结果，后来慈禧竟然放心地让左宗棠掌八万大军。

　　得了“同进士出身”之后——此时别的考生还没有放榜呢，左宗棠将之挂在军营中帐上，谁来，都让谁看，并对之感叹道：“皇恩浩荡！”

　　左宗棠率领一万两千清军进潼关。几经交战，西捻军被赶出陕西，从宜川强渡黄河，进入山西，继而又入河南、直隶，直达京城近郊——卢沟桥，京师震动。

　　慈禧太后大怒，严令左宗棠、李鸿章率部阻击。

　　西捻军由陕西转入山西河南的想法，原本是想要解救东捻军被困的局势，但是西捻军到达山西河南的时候，东捻军早已在扬州之战中被李鸿章所带领的淮军全数歼灭。

　　西捻军虽然逼近了京城，吓得爱新觉罗家族老少失颜，但却陷入清军重重包围之中。至同治七年，东、西捻军皆被扑灭。