七月，太平军进攻南昌，江忠源要求增援，曾国藩与巡抚骆秉章商议派罗泽南领兵三千前往，第一次与太平军对垒，湘军损失惨重。

　　这使曾国藩更进一步认识到太平军远非一般农民起义军可比，要战胜太平军，必须有足够的兵力和精良的武器装备。因此，曾国藩与江忠源商量了练勇万人的计划，训练也更加严格，以期养成艰难百战之师。同时，曾国藩感到光有陆师不够，还必须建立一支水师。秋天，编练水师的计划得到咸丰帝的批准，湘军规模改为编练水陆各五千人。

　　此后，曾国藩离开长沙，前往衡州练军。至咸丰四年二月，水师、陆师各十营五千人练成。

　　谁都没有想到，正是这支凶悍的地主武装，使得大清的运命又延续半个世纪。

　　咸丰四年二月，湘军倾巢出动，曾国藩发表了《讨粤匪檄》，揭露太平天国军之罪：

　　逆贼洪秀全杨秀清称乱以来，于今五年矣。荼毒生灵数百余万，蹂躏州县五千余里，所过之境，船只无论大小，人民无论贫富，一概抢掠罄尽，寸草不留。其掳入贼中者，剥取衣服，搜括银钱，银满五两而不献贼者即行斩首。男子日给米一合，驱之临阵向前，驱之筑城浚濠。妇人日给米一合，驱之登陴守夜，驱之运米挑煤。妇女而不肯解脚者，则立斩其足以示众妇。船户有阴谋逃归者，则倒抬其尸以示众船。粤匪自处于安富尊荣，而视我两湖三江被胁之人曾犬豕牛马之不若。此其残忍残酷，凡有血气者未有闻之而不痛憾者也。

　　自唐虞三代以来，历世圣人扶持名教，敦叙人伦，君臣、父子、上下、尊卑，秩然如冠履之不可倒置。粤匪窃外夷之绪，崇天主之教。自其伪君伪相，下逮兵卒贱役，皆以兄弟称之，谓惟天可称父，此外凡民之父皆兄弟也，凡民之母皆姊妹也。农不能自耕以纳赋，而谓田皆天王之田；商不能自买以取息，而谓货皆天王之货；士不能诵孔子之经，而别有所谓耶稣之说、《新约》之书，举中国数千年礼义人伦诗书典则，一旦扫地荡尽。此岂独我大清之变，乃开辟以来名教之奇变，我孔子孟子之所痛哭于九原，凡读书识字者，又乌可袖手安坐，不思一为之所也。

　　…

　　太平天国运动，不仅要颠覆大清王朝，而且还要颠覆中国几千年来尊孔崇儒传统——信上帝、砸孔庙，这引起了知识阶层的一致反对。

　　书生带兵打仗，这是凶险之事，曾国藩也不例外。

　　曾国藩命褚汝航为水师总统、塔齐布为陆军先锋，统率一万七千人，挥师北上。五月，在靖港水战中被太平军石祥贞部击败，曾国藩不堪其辱，投水自尽，被部下所救。

　　重整水陆各军后，七月攻占岳州，十月攻取武昌。咸丰帝大喜过望，令曾国藩署理湖北巡抚，然，大学士祁隽藻进言，称：“曾国藩以侍郎在籍，犹匹夫耳，匹夫居闾里，一呼，蹶起从之者万余人，恐非国家福也。”咸丰帝收回成命，仅赏曾国藩兵部侍郎头衔。

　　十二月，曾国藩攻陷长江要塞田家镇。

　　咸丰五年二月，湖口大战，石达开率太平军总攻湘军水营，烧毁湘军战船百余艘。曾国藩座船被俘，文卷册牍俱失。曾国藩羞怒至极，再次怒而投江，被随从捞起，只得退守南昌。

　　曾国藩上奏谢宽免处分恩折，不得不写“臣屡战屡败”以自责。幕僚李元度见了，建议改为“屡败屡战”，由此一来，“臣屡战屡败”就成为“臣屡败屡战”。咸丰帝见奏折大喜，勉励曾爱卿继续再战，又安抚切不可再投江等言。

　　如此一来，一代跳水健将就此走入偏途——出官入仕、封侯拜相。

　　咸丰六年，石达开率军攻打江西，曾国藩坐困南昌。曾国藩正准备再次跳水时，太平军内讧发生了。

　　原本，杨秀清封“九千岁”、萧朝贵封“八千岁”、冯云山封“七千岁”、韦昌辉封“六千岁”。此前，冯云山、萧朝贵早被湘勇大炮轰死。此时，东王杨秀清居功自傲，以天父下凡为由——上帝托梦给他，逼天王洪秀全封他为“万岁”。洪秀全密令韦昌辉、石达开回京相救。

　　九月初一日夜，韦昌辉亲率三千部众从江西前线赶回天京，翌日凌晨，突袭东王府，将东王杨秀清及其家属全部杀戮，随后血洗京城，杨数万部属被杀，此为“天京之变”。

　　石达开闻变后，急忙从武汉赶回天京，斥责韦昌辉杀戮太甚，因而为自己惹上了杀身之祸，只得连夜缒城出走，其在天京城中的妻儿老小全被韦昌辉残忍杀害。石达开逃至安庆后，起兵靖难，上奏请杀韦昌辉。洪秀全遂捕杀了韦昌辉。合朝文武迎石达开到京辅政。由于石达开名声日隆，引天王疑忌，次年五月，石达开负气出走，率数万将士脱离天朝，转战闽、浙、赣，支援天京。

　　经此内讧，太平天国受到极大损害，军事形势不断恶化，武汉、九江相继失守，湖北、江西大部丢失，从此，太平天国开始衰败。

　　就在太平天国运动爆发时，淮北爆发农民起义，史称“捻军起义”。

　　捻，原指捻绳，即团结起来的意思。一个农民称为捻子，由捻子而组成的党，称为“捻党”；由捻子而组成的军，称为“捻军”。捻军由最初的淮北逐渐扩大到皖、豫、鲁、苏、鄂交界地区，形成十余支相对独立的队伍，并逐步由分散、零星的斗争趋向联合，像捆妖绳一样牵制了大量的清兵、地方团练，有力地配合了太平军。

　　咸丰七年，父亡，曾国藩丁父忧归籍，由胞弟曾国华暂带湘军