萍浏醴起义给孙文、黄兴二人的启示是同盟会必须有一面旗帜。

　　孙文主张沿用兴中会的青天白日旗，黄兴则认为青天白日旗与日本旗相近，有日本并华之象，必须迅速毁弃，而倾向于象征社会主义的井字旗。孙文指责用井字旗有复古倾向，说：“仆在南洋，托命于是旗者数万人，欲毁之，先摈仆可也。”二人僵持不下，黄兴十分不快，声言退出同盟会。

　　恰此时宋教仁也萌生退会之事，将此事记录日记中：

　　七时至《民报》社与黄庆午（黄兴）言余辞职事，庆午不应。良久，庆午忽言，欲退会，断绝关系。其原因则以孙逸仙以己意制一新国旗，而庆午以为不善，请其改之，逸仙固执不改，并出不逊之言，故庆午怒而退会。时诸人均在，皆劝之。余则细思庆午不快之原因，其远者当另有一种不可推测之恶感情渐积于心，以致借是而发，实则此犹小问题。盖孙文素日不能开诚布公，虚怀坦诚以待人，做事近乎专横跋扈，有令人难堪处故也。今既如是，则两者感情万难调和，且无益也，遂不劝止之。又思同盟会自成立以来，会员多疑心疑德，余久厌之。今又如是，则将来之不能有所为，或亦意中事。不如另外早自为计，以免‘烧炭党人’之讥。遂决明日即向逸仙辞职，庆午事亦听之。十时回。夜。大风。

　　虽然黄兴气急之下声言退会，但冷静下来后，最终还是以黄兴让步告终。在给胡汉民的信中，黄兴如此说道：“名不必自我成，功不必自我立，其次亦功成而不居。先生何定须执着第一次起义之旗？然余今为党与大局，已勉强从先生意耳。”

　　“名不必自我成，功不必自我立，其次亦功成而不居”，这句话被后人断章取义解释为黄兴精神写照，在这里，其实是批评孙文之语。

　　萍浏醴起义，引起了清廷对同盟会的关注。

　　清公使杨枢即奉命和日本政府交涉，要求逮捕并引渡孙文。日本政府采取了双方都不得罪的方针：一面驱逐孙文出境，一面劝孙文自动离日。为表示善意，日本政府还赠孙路费五千元。此外，东京股票商人铃木久五郎也赠送一万元。

　　三月四日，孙文携胡汉民、汪兆铭以及日本友人萱野长知、池亨吉等离日赴港，转住南洋，同盟会会务交由黄兴主持。

　　这笔意外横财，引发了第一次“倒孙”风潮。

　　铃木久五郎资助一万元一事章太炎是知道的，孙文曾从中提取两千元交章太炎作为《民报》经费，章太炎嫌少，认为一万元应全部留下，但对日本政府资助五千元一事，章太炎等则一无所知。

　　恰恰是唯恐天下不乱的日本友人北一辉等透露了那五千元之事。

　　张继认为孙文受贿、被收买，有损同盟会的威信，便闹了起来，破口大骂，言：“革命之前，必先革革命党之命。”

　　章太炎更是认为孙文实不应密收金钱，如丧家狗之被逐，因此逼孙文辞去总理一职。

　　再说孙文离开日本赴安南，到河内后立即在甘必达街六十一号设立了领导西南武装起义的总机关，准备就近组织领导广东、广西和云南三省的起义。

　　四月，广东钦州三那墟人民因官府关押要求减免粮捐的请愿代表，组织万人会，推刘思裕为首领，举行抗捐斗争。两广总督周馥即派统领郭人漳、标统赵声率兵前往镇压。

　　赵声为同盟会会员。

　　孙文决定联合抗捐群众，大举起义，并争取郭、赵率新军倒戈，刘恩裕等也表示同意接受同盟会领导，共同起义。然郭部却偷袭刘思裕抗捐民团，刘死。

　　孙文派同盟会员许雪秋、黄耀庭、余绍卿及邓子瑜等四人自南洋回国，酝酿在广东各邑同时起义。余绍卿先到达香港，凭着孙文的介绍函向香港同盟会领走公费一千五百元，回到内地后杳无音信；黄耀庭领取公费一千两百元后，也因害怕香港警局的监视，不敢进入惠州，而是匆匆返回南洋。

　　邓子瑜，广东博罗人，在新加坡开永新祥客栈，惠州的会党逃到南洋时，大多去投靠他，因此，邓子瑜在惠州的会党中威信很高。

　　许雪秋，广东海阳人，出生于新加坡富商之家，精通武艺，任侠好客，素有“小孟尝”之称。

　　邓子瑜与许雪秋各当一面，相约举事。

　　五月，许雪秋与余既成、陈涌波、何子渊筹划发动黄冈起义，原定于二十五日起事。二十一日，商民演戏，防兵在台前调戏妇女，捕去出面干涉的党人二名，并拟搜查泰兴杂货店总机关，起义提前爆发。

　　二十二日晚，会党首领余既成聚集七百余人于黄冈城外，誓师起义。当夜忽降阵雨，义军多为旧式鸟枪，弹药尽湿，便改用火攻，血战一夜，攻克黄冈，生擒都司隆启等。次日，在旧都司衙门成立军政府。清军前来镇压，义军战不利，被迫解散。二十八，清军进入黄冈，搜获党人名册，按名逮捕，杀二百余人。

　　——此即第三次起义。

　　邓子瑜策划惠州武装起义，计划在博罗、龙门、黄冈三路同时起义，互为配合。黄冈提前起义，邓子瑜即派陈纯等人入惠州，于六月二日在离惠州府城二十里的七女湖举行武装起义。

　　起义军两百多人，一百多支枪，首先夺取清军防营枪械，击毙巡勇及水师巡船哨弁多人，缴获步枪、短枪二十多支。进攻泰尾，清守兵溃逃，起义军乘胜连克杨村、三达、柏塘等地，旋又在八子爷打败清营管带洪兆麟。

　　此时黄冈起义已遭失败，龙门起义尚未爆发。惠州起义军与清军激战十余日后，鉴于敌我力量众寡悬殊，又无外援等情况，为保存革命力量，决定撤退到梁化圩，将枪械埋藏于地下，命令部队就地解散。邓子瑜潜往香港，旋返新加坡，重开客栈。

　　——此即第四次起义。

　　黄冈起义失败后，许雪秋赶到河内向孙文报告起义经过，认为起义失败的原因是军火落后，如能购得先进军械，可图再起。孙文同意许雪秋的主张，立即派遣萱野长知往日本购置军火。

　　萱野长知回日本后，购买村田式快枪二千支，每支枪带弹六百发。

　　村田式快枪是落后武器，章太炎、宋教仁得知后大愤，认为使用这种枪图使同志白白丢命。章太炎更是明码电报打到香港《中国日报》社，说：“械劣难用，请停止另购。”

　　此前，孙文和黄兴都认为，革命经费极其有限，购械时但求其多而取价廉，因械多可张大声势。

　　有一句话是孙文永远说不出口的，此时革命主力是会党，而会党举事的根本目的不是为主义，而是为钱、为枪械。

　　孙文极为恼火，便由胡汉民写信至本部谴责章太炎，声言要执行纪律。继而又派林文返回东京，禁止章太炎、宋教仁再干预军事问题。代理庶务的刘揆一因而函告黄兴，又写信给冯自由、胡汉民，引用“万方有罪、罪在一人”，要冯自由、胡汉民劝孙文向东京同盟会本部引咎谢罪，并提议推举黄兴为新总理。

　　孙文复函：“党内纠纷，惟事实足以解决，无引咎之理由可言。”并表示，辞去总理一职可以，但必须在同盟会本部及章太炎承认错之时。

　　黄兴复函东京总部，说：“革命为党员生死问题，而非个人名位问题。孙总理德高望重，诸君如求革命得有成功，乞勿误会而倾心拥护，且免陷兴于不义。”

　　由于黄兴坚定地支持孙文，第一次倒孙风波由此渐渐平息下来。

　　风潮之后，孙文对同盟会东京本部态度冷淡、心灰意冷，由此，同盟会人心涣散，各行其是。