在日军攻占了南京后，日本大本营即开始研究进攻武汉的问题，考虑的方针是：首先打通津浦线，沟通南、北两个战场，尔后攻占郑州，控制陇海线、平汉线，再向武汉进攻，同时攻占广州，切断中国的海上补给线。但研究后认为在华兵力暂时不足，必须增建军队和作一段时间的休整，才有可能采取行动。

　　为了进攻武汉及广州的作战，日本征召新兵二十四万人，筹措战费三十二亿五千万日元。在一九三八年四月至六月间又扩建了十个师团，即第十五、第十七、第二十一、第二十二、第二十三、第二十七、第一零四、第一零六、第一一零、第一一六师团。这十个师团，除第二十三师团及第一零四师团调至中国东北海拉尔和张鼓峰外，其余八个师团于七月中旬全部调至中国关内。这时日本陆军总兵力为三十四个师团又六个混成旅团，共约九十余万人，除日本国内留近卫师团、第十一师团,朝鲜留第十九师团,台湾留半个混成旅团外，其余全在中国,包括关东军八个师团，兵力约为八十二万五千人，占其总兵力的九成强。

　　五月二十九日，日本大本营拟定了秋季攻占武汉的作战指导大纲。陆军部本来准备以一个军沿平汉路南下，一个军沿长江西进，共同钳击武汉。从北向南攻击，优势是道路通畅，缺点是推进距离远。然而令这个计划最终不能执行的原因是，由于华北地区的三十万中国军队并没有退出山西、豫北，同时八路军在华北开展独立自主的游击战争——“扰乱我占领地区，其威势已不容轻视”，同蒲线频繁遭到破坏，平汉路也迭遭破坏，很难再从华北调出兵力。由于这些原因，日本改为由华中派遣军以主力沿淮河地区，另以一个军沿长江地区攻占汉口，华北方面军以一部在华中派遣军攻势开始前攻占郑州一带，将中国军队牵制于北方。这一攻势的优点是推进距离近，且徐州会战胜利造成了日军向西推进的有利态势。由于花园口决堤，日军被阻于黄泛区，这一方案最终也被推翻。因此，日军提出第三种方案：决定主力沿长江进攻，一部沿大别山北麓进攻，沿长江由东向西进攻，地势上日军占尽劣势，属于不得已而为之。

　　日相近卫文麿同天皇终于达成的共识——从中国脱身，这场仗，已经打不下去了。

　　可是，他们二人谁也不敢向大本营提出此问题，于是将目前日本所面临的困境怪罪于叫嚣三个月就能解决中国事变的杉山元。

　　为了配合近卫的行动，天皇派出了梨本宫守正亲王，向杉山口头传达了圣旨。

　　六月三日，近卫文麿内阁因对华战争结束遥遥无期，罢免了陆军大臣杉山元和次官梅津美治郎。

　　问题是，谁能短时间解决中国事变？

　　近卫心目中备选陆相：寺内寿一担任过陆相，但贪图战功，主张在华进攻到底，不合适；柳川平助，淞沪会战日本胜利的最大功臣，但因为南京大屠杀而臭名昭著，不能任。

　　剩下唯一人选，就是在奉天事变中立下赫赫功勋的板垣征四郎。

　　六月初，东京召回了华北战场上的第五师团师团长板垣征四郎担任陆相，关东军参谋长东条英机为他的次官。板垣征四郎的个性和东条英机完全相反，板垣是阳性的，东条是阴性的；板垣是宽厚的，东条是严正的；板垣被认为是沉重的秤砣，东条被认为是锋利的剃刀。然而，这两种相反的性格，却促成了两者截长补短的合作。板垣征四郎也像信任石原莞尔一样信任东条，东条英机也像石原一样了解板垣，这就是他们合作的基础。

　　六月十五日，日本研究和制订国家政策的智囊团“昭和研究会”提出了《关于处理中国事变的根本办法》。分析称：“目前虽然已丧失了华北、华中的重要各省，然而只要国民政府还盘踞在汉口，汉口就是主要以西北各省为其势力范围的共产军和主要控制着西南各省的国民党军之间的接合点和两党合作的楔子”，“所以首先为了摧毁抗日战争的最大因素——国共合作势力，攻下汉口是绝对必要的。因为占领了汉口，才能切断国共统治地区的联系，并可能产生两党的分裂。同时，攻下汉口，对新政府来说，可以创造这样的可能性：把汉口以下的长江下游流域归入统治圈内。这样才可以谋求经济的独立，以及实现华中战区的复兴。相反的，对于国民政府来说，就意味着丧失了湖南、湖北的粮仓地带和中国内地唯一的大经济中心，不但会造成该政府经济自给的困难，并且会减弱现在唯一的大量武器的输入通道——粤汉路的军事、经济价值。这样一来，即使该政府逃到了四川或是云南，以保余命，但在这种山岳地带，也无法发挥比一个地方政权更大的作用了。”因此“当前的战争目标”是“必须在军事行动方面确保很多的战果。为了彻底打击国民政府，使它在名义上、实质上都沦为一个地方政权，必须攻下汉口、广州以及其他敌人的抗战中枢。”

　　日本人认为攻占汉口是早日结束战争的最大机会，并狂妄认为，从历史上看，只要攻占了汉口、广州，就可以统治中国，只要控制了中原地区，实质上即统治了全中国。

　　因此，在日本人看来，武汉会战乃最后一战。

　　根据六月十五日御前会议的决定，六月十八日以第一一九号“大陆命”下达了实施汉口作战的预先号令。其内容为：

　　一、大本营企图于初秋攻占汉口。

　　二、华中派遣军司令官应于长江及淮河口向前逐步占领前进阵地，准备尔后之作战。

　　三、华北方面军司令官应准备执行关于确保占领区域安定之现行任务，尤须尽力扫荡该地区内之残敌。四、详细事项由参谋总长指示。

　　东京大本营定下攻占武汉战略目标后，询问新任日相板垣征四郎：“拿下武汉是否有问题？”

　　板垣征四郎答：“没问题！”

　　中国方面，早在上海和南京失守后，作为国民政府军事委员会委员长的蒋介石多次与德国军事顾问研究有关防守武汉的决策问题。在淞沪、南京和徐州一系列规模巨大的对日会战中，国民政府的作战方式都是依托坚固工事的防守。在德国顾问的帮助下，国民政府在武汉三镇构筑环形工事，准备死守武汉。

　　五月二十一日，在日军占领徐州的第二天，军事委员会从上海方面得到情报，日军可能分三路进攻武汉：华北日军出信阳南下，华中日军出六安、安庆西进，海军溯江而上。

　　也就在同一天，德国驻中国大使陶德曼正式通知中国政府，德国政府要求立即解除德国军事顾问团的合同，并准他们全部返国。

　　抗战爆发后，日本因与德国签有盟约，要求柏林政府召回中国的德籍顾问，禁止运输军火来华。德国政府起初认为战争仅是地方冲突，不久即会和解，前往中国的德籍顾问纯属私人性质，与政府无关，所以未作肯定的答复。南京失守后，战争已经明显演变为国与国之间生死斗争，德国处境更加尴尬，对华态度日益冷淡。尽管如此，德国政府还是履行合约。战争开始后美英商船不敢再替中国运送军火，唯有德国轮船将已经订购好的武器陆续输送来华，但希特勒命令以后不允许再接新的订单。因苏联军事顾问团已经于五月进入国民政府，在日本的强烈要求下，希特勒决定召回在华所有顾问。

　　希特勒突然召回德国顾问，中国担忧的是整个武汉会战作战机密泄露。

　　豫东战役后，第一战区程潜所部主力已退至河南平汉线以西，第五战区李宗仁所部退至鄂豫皖边境大别山一带，第三战区顾祝同所部仍驻九江以下长江南岸一带。国民政府军事委员会为适应当前战局形势，增强指挥机构及作战能力，再次调整战斗序列，于六月中旬组建第九战区，以陈诚为司令长官，下辖第一、第二兵团，指挥二十七个军负责长江南岸的作战。李宗仁的第五战区负责长江北岸的作战。两战区协同作战，阻止日军西进。两战区的作战地境大致为沿长江之线，但沿江北岸的武穴、田家镇部分及武汉卫戍总司令部归第九战区统一指挥。

　　第九战区和第五战区根据军事委员会保卫武汉的意图，结合本战区的地理条件、兵力任务及敌情判断等具体情况，分别进行了部署：

　　第九战区第一兵团薛岳所部防守南浔线，并沿鄱阳湖配置兵力，以南昌为基地，以外线之势击破西进日军，防止日军进攻南昌及迂回长沙；第二兵团张发奎所部确保九江至瑞昌线正面，并沿江构成阵地带，防止日军由瑞昌西进，直趋岳阳、蒲圻、咸宁；汤恩伯军团控制于各重要据点之间，以便随时策应一线作战。

　　第五战区司令长官李宗仁指挥二十三个军负责江北作战，命第四兵团李品仙所部为右翼兵团，利用长江北岸大别山南麓丘陵湖沼的有利地形遏敌取捷径攻略武汉；以第二十一集团军廖磊所部为中央兵团，布置于太湖、潜山西北山地，相机南下侧击西进之敌；以第三兵团孙连仲所部为左翼兵团，控制于大别山北麓与淮河之间，利用地障，重在阻敌迂回武汉之北；命第二十四集团军韩德勤所部担任敌后游击；以第二十九集团军王缵绪所部为第二线兵团，策应一线作战。

　　另以第一战区在平汉铁路郑州至信阳段以西地区，防备华北日军南下；第三战区在安徽芜湖、安庆间的长江南岸和江西南昌以东地区，防备日军经浙赣铁路向粤汉铁路迂回。

　　参加武汉保卫战的中国陆军以及空军、海军，总计十四个集团军、五十个军，作战飞机约二百架，舰艇三十余艘，总兵力近一百一十万人。

　　五月二十九日，日本大本营命令华中派遣军与海军中国方面舰队协同，攻取安庆、马当、湖口及九江，作为进攻武汉的前进基地。

　　六月一日，华中派遣军司令畑俊六与中国方面舰队司令及川古志郎协商后，决定由波田支队与海军第十一战队、吴港第四、第五特别陆战队及第二联合航空队协同，从芜湖溯江进攻安庆、马当、湖口、九江；由第六师团与第三飞行团协同，从合肥进攻舒城、桐城、潜山、太湖、宿松、黄梅，策应溯江进攻部队作战。

　　日军第六师团又名熊本师团，师团长稻叶四郎，和第二师团并称为日本陆军中最强悍最有战斗力的两支劲旅，是参与南京大屠杀的罪魁祸首。只要是日军第六师团所到之地，必定会大规模屠杀老百姓，因此被称为“兽军”。

　　日军第六师团先头部队是坂井德太郎指挥的以第十一旅团为基干的坂井支队，附独立山炮兵第二联队及骑兵第六联队，六月二日从合肥出发。与此同时，日军第九师团一部亦由蒙城南下，经凤台于六月四日占领寿县正阳关。

　　此时，正值梅雨季节，雨水不断，道路泥泞。

　　原在合肥以西的第二十六集团军徐源泉部三个师自大蜀山不战而撤退至六安附近。日军坂井支队遂向舒城、桐城方向进攻第二十七集团军杨森部阵地。蒋介石曾致电李宗仁、李品仙，令其严令徐部攻击由合肥向舒城转进之敌，但徐源泉以山洪暴发为借口，行动极为迟缓，至十二日方进至舒城附近。而八日杨森部即被击溃，舒城失陷。徐源泉即命令第八十七军罗树申第一九九师反攻舒城。该师是由湖南保安四个团编组而成，接收了四千余名未经训练的壮丁。因而由老兵组成攻城突击队，数次攻城不成，退入岳西一带山区再次整补。

　　六月七日，波田支队在第十一水雷队护卫下由江苏镇江港起锚，海军溯江部队于六月九日从南京出发，两者在芜湖会合。

　　也就在九日这天凌晨，花园口决堤，滚滚黄河水将淮北、豫东的日军淹没。

　　黄河决堤，并没有使华中日军停止进攻。

　　波田支队，即参加淞沪会战的重藤支队，一九三七年十二月七日，军部调重藤支队等三支部队组成第五军，准备在华南沿海登陆。因此，重藤支队没有参加对南京的总攻。后日本军部决定推迟在华南登陆的时间，重藤支队遂回台湾休整。一九三八年二月二十二日，重藤支队划归华中派遣军，波田重一代替重藤千秋出任支队长，故改称波田支队。其中所辖步兵第二联队、山炮兵联队士兵全部由熊本县人组成，步兵第一联队由九州其它地方的人组成。淞沪会战、武汉会战等一系列作战所补充的兵员，则全部来自日本九州。该军战斗力强悍，被称为“陆上鱼雷”，同时也十分凶残，与第六师团一样烧杀抢掠、无恶不作。

　　波田支队又被称为台湾旅团，正是因为有“台湾”二字，因而被讹传该军兵员来自台湾。日军最早于一九四二年在台湾实施志愿兵制度。从一九四二年三月到一九四五年，日军总共八批次征调台湾原住民参战。到了一九四五年，垂死挣扎之际，本土兵源枯竭，日军正式开始在台湾全面实施征兵制度。据日本厚生省统计，至日本投降时止，总计八万四百三十三名台湾青壮年被强征加入日本军队，成为一线战斗人员，更有多达十二万六千七百五十多人被强征为军属或军夫，二者逾二十万人。这些人除留守台湾外，绝大部分都被投入到太平洋战场，成了美军枪炮下的炮灰。这原本是非常悲惨之事，然而有些人却将之视为“光荣”，其中典型代表就是李登辉。

　　六月十日夜，日海军第三舰队，集结战舰四十余艘，商轮十三只，汽艇八十余，加上数百只木船，在日军航空兵团第三飞行团五十余架侦察、战斗、轰炸机掩护下，由芜湖溯江而上，开始大举向安庆发起进攻。

　　安庆，位于安徽西南部，紧邻长江北岸，皖河入江处，西北靠大别山主峰，东南倚黄山余脉，素有“万里长江此封喉，吴楚分疆第一州”之称。自清初安徽建省，直到民国时代，安庆一直是安徽省会城市。

　　此时，驻守安庆的是川军杨森所率二十七集团军，下辖杨森第二十军（第一三三、一三四师）、唐式遵第二十一军（第一四五、一四六师）。在此之前，杨森部署一三三师开往巢县、无为、庐江，以抵抗日军南下，又布置一三四师自枞阳至安庆沿江布防，阻止日军西进。

　　全面抗战爆发后，杨森率部徒步行军出川，赴上海参加淞沪抗战，全军在大场血战五昼夜，守住了阵地，出川一万八千余人，伤亡高达七千余人。杨森所部是淞沪会战中除中央军外最能打的地方部队，被评为淞沪战场最能打的五个师之一。第二十军完成淞沪抗战任务后，杨森率部撤离阵地到达南京。蒋介石召见杨森时说：“你的二十军这次在上海抗战打得很好，很光荣，第一批外械到了，优先补充你的部队。”同时，升任杨森为第二十七集团军总司令，仍兼二十军军长，并调往安徽首府安庆市补充整训。十二月，杨森率二十军到达安庆后，装备和编制都比原来有所加强，步枪大部换成捷克制，每营增加一个重机枪连，每团增加一个迫击炮连。特别是通讯部队更为充实，军增加了通讯营，师设通讯连，团设通讯排，部队指挥较前大为灵活。

　　正因此，最高统帅部让杨森部守卫长江防线重要关隘——安庆。

　　六月初，日军攻占临近的巢县，杨森命令第一三三师反攻。前锋是第七九四团，团长李介立率该团官兵开至巢县时，一当地居民提供情报，说巢县内有数百名日军，还提供了一条重要消息：巢县南城城墙上被炸开了一个洞，日军就是从那里攻进城的，洞很大，士兵弯着腰即可通过。李介立率领两个营组成突击队。巢县城下有条不窄的护城河，突击队架浮梯摸到城下。一个班的战士从豁口潜进，干掉日军步哨后打开城门。突击队冲入城内，对在街上露宿的日军发起攻击，消灭二百余敌。

　　杨森指挥部队在舒城和桐城构筑阻击阵地，提防着从合肥而来的第六师团，却忽视了溯江而上的波田支队。

　　六月十一日中午，日军舰队通过大通江面，遭到中国江防军的炮火阻击，但因军事力量悬殊，被强行通过。后日军试图在枞阳镇一带登陆，遭一三四师顽强阻击，不得已，又调头向上。十二日中午，日军舰队进至安庆东南约四十华里的铁板洲、将军庙一带停泊。江岸渔民还没来得及收网，日军炮火逼近，只得匆匆逃离。十五时，波田支队在北岸登陆，沿江堤向安庆前进，沿途未遇有力阻击。

　　此时，作为省会城市的安庆城内大多机关已经外撤，城内学校也先后停办和疏散。一些殷实人家和商户，也纷纷逃离城区。十一日夜，杨森就获知了日军进攻安庆的情报。十二日一大早，城内居民分别由集贤门向十里铺、由八卦门向山口镇一带跑。避跑不及的，也赶到各教堂寻求短期避难。中午起，一三四师以及守城警察与日军战船交火，相互炮击有两小时之久。下午三时，杨森移驻集贤门城楼，后又撤至集贤关观音洞。至此，电话局拆除了通信设施，守城的军警也纷纷向十里铺撤离。

　　日军雨夜偷袭安庆。杨森部因主力分散各地，失去掌握，且又处于腹背受敌的不利境地，遂放弃安庆，向西北方向的潜山、太湖撤退。

　　进城日军不仅肩上挎着枪，后背还背着防毒面具，虽然城里百姓不知这面具是何用处，但是其狰狞的造型还是让中国百姓不寒而栗。

　　谁都想不到，杨森竟然一天都没坚持住，省会城市安庆就失陷了。

　　收到安庆失陷的消息后，军令部部长徐永昌扼腕感叹：“杨森为川军健者竟如此！”

　　杨森第二十七集团军一失舒城、桐城，再失安庆，令蒋介石大怒，致电杨森：“轻弃名城，腾笑友邦！”

　　“腾笑友邦”是斯文骂法，粗俗来说，即是丢人丢到国外去了。

　　杨森回电，徐源泉的第二十六集团军挡不住日军第六师团的攻击，暴露了他的侧背，他不得已才退出安庆。

　　此时，淮南守军总兵力有九个师之多，另有地方团队，然战斗至此，各部队作战意志差，借逐步抵抗之名，行一触即退之实，故仅十余日战斗，就失地数百里。其狼狈状况和军纪的败坏已到令人发指地步。

　　原来，徐源泉不仅是个旧军人，还是个商人，其手下仓汉轮船局辖有轮船十一艘，控制了沙市、宜昌至汉口的长江两岸，亦即控制了川、黔、滇的鸦片由长江运往汉、沪的必由之路。除了搞运输、贩鸦片外，徐源泉还大肆放印子钱等等。此时，徐源泉带兵慌忙西撤，首先想到的不是国破，而是不忘他的轮船局，明令凡能开到重庆的局属轮船一律开去，不能开去的就近卖掉。

　　正是因为徐源泉是武汉地头蛇，财大气粗，又有钱打点、疏通，所以每次后撤，都能安然无虞。

　　蒋介石不追究徐源泉，反而给予杨森“撤职留任”处分。杨森接到处分后，将手枪一拍，骂道：“格老子不干了！”三个月后，移都重庆的蒋介石不得不用杨森时，军阀出身的杨森抱着他的十二个姨太太，抽着大烟，低头不说话。不得已，蒋介石只好晋升杨森为上将。

　　保存实力，这是地方军共同的行事准则。这就逼得蒋介石不得不采取阵地战，让地方军填在阵地内，好歹还能迟滞、消耗敌部分兵力，一旦准许其运动，那就真的只有“远动”了。

　　波田支队于十三日占领安庆后，坂井支队亦于当日占领了桐城。舒城、安庆的陷落，使日军得以利用合肥至安庆的合安公路取得进攻武汉的更有利的出发地位。

　　令日军不爽的是，在皖中出现了一支神出鬼没的游击队，活动于庐江、无为、舒城、桐城和巢县地区，他就是刚刚成立不久的新四军第四支队。

　　潜山，地处安徽西南部，大别山东南麓，二乔故里、黄梅之乡，地貌特征呈七山一水两分田。

　　日军坂井支队占领桐城后，次日继续向潜山进攻，大雨滂沱，日军冒雨淌水攻击前进，虽遭川军一三四师抵抗，于十七日上午占领了潜山县城。守军转移至潜水西岸阵地防守。十八日，日军强渡潜水。在守军坚强阻击、反击下，加以连日暴雨，河水暴涨，日军进展受阻。由于日军火力猛烈，守军伤亡惨重。激战至晚，日军占领潜水西岸中国守军的阵地。十九日，日军骑兵第六联队向潜山以南进攻，与守军第二十一军第一四五师一部短时战斗后，于当日十八时占领石牌。

　　面对日军快速突击，国民党军无力阻击，蒋介石照葫芦画瓢，再次动歪脑筋，命令沿江各部队将领掘开长江大堤，企图再次利用水障阻挡住日军凶猛的攻击势头：

　　一、乘江河湖涨水之期，凡在我军作战有利方面，务处之构成泛滥，并望先行后报。二、江北方面：在宿松以东，江北岸地方，务尽量构成泛滥，以利我军作战为要。实行经过，望随时电告。三、构成泛滥后，对敌汽艇勿庸顾虑，因较敌陆军易于击灭也。

　　幸运的是，决堤也不是一件轻易的事。相对于在长江边花数日决堤，国民党官兵觉得撒开双腿跑路还更爽快些。

　　曾经反击舒城未果而进入山区整补的刘膺古第八十七军第一九九师老兵带着一群新兵蛋子在潜山至太湖间一个叫渡埠的地方见到了一伙夜宿的鬼子。跑还是偷袭？湘军官兵选择了后者。无数日军就在睡梦中直接回了老家。完事后，湘军还顺便烧了公路大桥，使日军第六师团被分割成了两截。

　　此时湘军刘膺古第八十七军及桂军韦云淞第三十一军已进至太湖附近，桂军张淦第七军亦已进至广济、黄梅间。

　　日军第六师团由合肥南下时军中传播疟疾，减员二千余人，先遣队连续作战，伤亡较大，不再孤军西进而事休整。

　　江北双方暂时形成对峙。

　　花园口决堤，打乱了日军所有计划。

　　日本方面不得不动用政治和谈以为战争准备争取时间。